Rode draad in Begrensde tolerantie zijn de hoofdmotieven vóór tolerantie zoals die zich in de loop van de geschiedenis hebben gemanifesteerd, tegenover religieuze intolerantie, staatsterreur en groepsdwang. We moeten hierbij bijvoorbeeld denken aan vrijheid van godsdienst en denken versus geloofsdwang en fanatisme; politieke vrijheid versus alleenheerschappij; en gelijke rechten van minderheden versus discriminatie. Kees Schuyt betrekt in zijn boek de belangrijkste teksten over tolerantie en hun nog immer inspirerende actualiteit, van Erasmus, Coornhert en Castellio via John Locke, Voltaire en de Schotse verlichting tot en met de negentiende eeuw van Mary Wollstonecraft en John Stuart Mill, en de twintigste‑eeuwse filosofen Hannah Arendt en John Rawls. Overal waar tolerantie in woord en daad wordt uitgeoefend, stuit die praktijk op de vraag naar het ondraaglijke, op het niet meer te verdragen leed dat mensen kan worden aangedaan in hun onderlinge verhoudingen en dat burgers vaak moeten doorstaan in theocratische en/of totalitaire regimes. In de slotbeschouwing van zijn belangrijke boek plaatst Schuyt het eigen geweten tegenover elke vorm van totalitarisme.