Wie in Nederland, België, Luxemburg of delen van Noord-Frankrijk door een historische binnenstad wandelt, loopt vaak over straten en pleinen, door stegen en langs grachten die al sinds de late middeleeuwen bestaan. De Lage Landen veranderden toen van een dunbevolkte regio in een van de meest verstedelijkte gebieden van Europa. Over het ontstaan en de ruimtelijke ontwikkeling van deze steden in deze periode is opvallend weinig bekend.

De stadsplattegronden die cartograaf Jacob van Deventer omstreeks 1560 tekende, zijn meestal de oudste visuele weergaven van die steden. Op basis van de meest recente, historische, archeologische, fysisch-geografische en historisch-geografische kennis maakt de Atlas van de middeleeuwse stad de stedelijke én ruimtelijke ontwikkelingen die daaraan voorafgingen inzichtelijk. De drie grootste steden in de noordelijke Nederlanden rond 1560 staan centraal: Amsterdam, Utrecht en 's-Hertogenbosch.

Boordevol historische en thematische kaarten, nieuwe reconstructiekaarten, schilderijen en foto’s belicht deze monumentale atlas de middeleeuwse geschiedenis van steden in de Lage Landen aan de hand van het belangrijkste erfgoed wat daarvan bewaard is gebleven: de binnenstad.