In het voorjaar van 1945 worden twee broers uit Nieuwer-Amstel samen met twaalf anderen door de Duitsers opgepakt voor hun vermeende rol in het Verzet. Een van hen komt in aanraking met de jonge Duitse soldaat Mathias Heumer. In Düsseldorf, meer dan zestig jaar later, vraagt Mathias zijn dochters iets recht te zetten, waarvoor hij zelf decennialang niet het lef heeft gehad. Dit zal echter vergaande gevolgen hebben, niet alleen voor zijn eigen gezin, maar ook voor die van de veertien mannen en vrouwen die nog steeds worden vermist. Zijn familie komt voor een groot dilemma te staan. Moeten zij z’n laatste wens in vervulling laten gaan en de verontrustende, verborgen gebeurtenissen uit de oorlog werkelijk openbaar maken? Of is het soms beter het verleden te laten rusten? Verzeild in hun eigen persoonlijke problemen raken ze er sterk over verdeeld. In 2008 wordt de naar Canada geëmigreerde Pieter van der Velde bruut geconfronteerd met het tot dusver onbekende lot van zijn twee broers, en wordt ook hij gedwongen het verleden onder ogen te zien. Wat wij nalaten is een familiegeschiedenis geïnspireerd door ware gebeurtenissen, en gaat over het belasten van de volgende generatie met gewetenskwesties, maar ook over hoe het is te rouwen om je geliefden, zonder ooit te weten wat er met hen is gebeurd.